Clotilde chào đời tại triều đình của người Burgundy ở Lyon, con gái của vua Chilperic II xứ Burgundy. Sau cái chết của thân phụ Chilperic là vua Gondioc vào năm 473, Chilperic cùng hai người em Gundobad và Godegisel đã phân chia lãnh thổ thừa kế của họ; Chilperic II dường như trị vì ở Lyon, Gundobad ở Vienne và Godegesil ở Geneva.[3]

Từ thế kỷ thứ sáu, cuộc hôn nhân của Clovis và Clotilda từng một thời là chủ đề của những câu chuyện sử thi, mà các sự kiện ban đầu đã bị thay đổi rõ rệt và các phiên bản khác nhau được tìm thấy qua tác phẩm của những nhà chép sử biên niên người Frank khác nhau.[3] Theo Gregory thành Tours (538–594), Chilperic II bị hoàng đệ Gundobad giết vào năm 493, và bà vợ của ông thì bị dìm chết bằng một viên đá treo quanh cổ, trong khi hai cô con gái của ông, Chrona vào nhà tu và Clotilde bị lưu đày – tuy vậy, sự phỏng đoán nêu trên về câu chuyện này chỉ là giả mạo mà thôi.[4] Tài liệu của Butler cũng noi theo Gregory.[5]

Sau cái chết của Chilperic, mẹ bà xem ra đã đưa bà về nhà ở cùng với Godegisil tại Geneva, riêng cô con gái khác của bà, Chrona, đã lập nên nhà thờ Thánh-Victor. Ngay sau cái chết của Chilperic, Clovis liền tới hỏi thăm và nắm lấy tay Clotilda.[3] Họ đã kết hôn trong cùng một năm.

Cả hai có với nhau mấy người con sau đây:

• Ingomer (mất lúc sinh năm 494).
• Chlodomer (495–524), Vua người Frank ở Orléans từ năm 511.
• Childebert I (496–558), Vua người Frank ở Paris từ năm 511.
• Chlothar I (497–561), Vua người Frank ở Soissons từ năm 511, Vua toàn thể người Frank từ năm 558.
• Clotilde (500–531), hạ giá lấy Amalaric, Vua người Visigoth.

Clotilde được nuôi dưỡng trong đức tin Công giáo và không ngừng nghỉ cho đến khi chồng bà từ bỏ giáo phái Arius và nguyện đi theo phiên bản Công giáo La Mã của đức tin Kitô giáo. Theo cuốn Historia Francorum (Lịch sử người Frank) của Gregory thành Tours, lúc Clotilde rửa tội cho đứa con đầu lòng của họ thì nó đã chết ngay sau đó. Clovis đã trách mắng bà; nhưng tới khi Chlodomer chào đời, bà khăng khăng đòi rửa tội cho cậu bé. Dù Chlodomer thực sự bị ốm nặng nhưng đã bình phục ít lâu sau. Theo sau là nhiều đứa con khỏe mạnh khác nữa.[6]

Thắng lợi của Clotilde xuất hiện vào năm 496, khi Clovis chuyển sang Công giáo, chịu để cho Giám mục Remigius thành Reims làm lễ rửa tội vào ngày Giáng sinh năm đó. Theo truyền thuyết xưa kia, vào đêm trước trận Tolbiac thảo phạt người Alamanni, Clovis đã cầu nguyện Chúa, thề sẽ rửa tội nếu ông giành lấy phần thắng trên chiến trường. Khi ông đã thực sự chiến thắng, Clovis sẵn sàng theo đức tin này. Nhờ vậy mà Clotilde mới cho xây cất Nhà thờ các Thánh Tông đồ tại kinh thành Paris, về sau được biết đến với tên gọi Tu viện St Genevieve.[4] Sau cái chết của Clovis vào năm 511, bà rút về ẩn cư tại Tu viện St. Martin ở Tours.